Превышение "входящего" НДС над суммой "исходящего" НДС, исчисленного налогоплательщиком в связи с совершением облагаемых НДС операций, подлежит возмещению из бюджета денежными средствами или зачету против иных федеральных налогов, подлежащих уплате налогоплательщиком в текущем или последующих периодах.

На практике процедура возврата НДС денежными средствами занимает порядка 3‑6 месяцев. При выполнении определенных условий организации могут воспользоваться ускоренным порядком возмещения НДС (фактически он доступен только наиболее крупным налогоплательщикам), согласно которому НДС может быть зачтен или возмещен денежными средствами в течение 2 недель.