Льготы по транспортному налогу могут быть установлены на федеральном и региональном уровнях.

В настоящее время Налоговый кодекс Российской Федерации предусматривает предоставление льгот лишь в ограниченных случаях, среди которых можно отметить освобождение от уплаты транспортного налога в отношении промысловых морских и речных судов; судов, используемых при осуществлении пассажирских или грузовых перевозок; ряда транспортных средств, зарегистрированных на сельскохозяйственных товаропроизводителей; самолетов и вертолетов санитарной авиации и медицинской службы; судов, зарегистрированных в Российском международном реестре судов.

Региональным законодательством могут предусматриваться дополнительные льготы и основания для их использования.

Резиденты особой экономической зоны, расположенной на территории Санкт‑Петербурга, освобождаются от уплаты налога на срок 5 лет с момента регистрации на них транспортного средства в установленном законодательством Российской Федерации порядке, за исключением водных и воздушных транспортных средств.